在文献与商务页面里偶尔会看到代谢组自下而上这一组合词，但其中 bottom‑up 的起源其实来自蛋白质谱：不把完整蛋白直接打入质量分析器做 top‑down，而是先酶切成肽，由肽段图谱再反推蛋白质身份。这一由片段推整体的范式与代谢组里常见的由谱峰指认代谢物单体截然不同——多数内源小分子（一般认为分子量多在约千道尔顿量级或以下）常以色谱分离 + HRAM 或三重四极杆 MRM，在基质允许的前提下直接读出母离子与子离子，并不经历必须先切成更小分子单元再拼接的步骤。

三组概念：别混用词

图 1. 类比帮助记忆：蛋白 bottom‑up 需要拼装推断；小分子代谢常见场景更像点对点指纹识别。

那为什么还会把写法捆绑在一起？

部分历史原因来自色谱质谱耦合工作流长得像：都得做液相梯度、电离、多级质谱。数据形态却往往不同——蛋白肽段图谱需要特异性酶切规则和大型序列库；小分子侧更依赖保留时间 + 精确质量 + 碎片化规则 + 标准品或谱库。把蛋白组话术套到代谢项目上，容易引发我们是不是也要先做某种酶切成碎片才能上机的沟通误解。提前澄清可避免实验设计走错方向。

图 2. 取样均一化→提取→色谱分离→电离与 MS 事件→定性定量与通路注释是全链路关注点。

常见代谢组范式（与自下而上无必然绑定）

1、非靶向：尽量广覆盖找差异特征 → 再结合标准品或通路库回填身份。

2、靶向 / MRM：围绕已知通路或标志物预设转换对，灵敏度与重现性占优。

3、脂质子域：常为独立分析方法族（HILIC、反相梯度、正负切换电离等）。

图 3. 若在方案讨论里听见 bottom‑up，先确认对方指的是蛋白水解流程还是小分子峰的层级结构。

FAQ

1、可以把代谢组和蛋白组都叫 shotgun 吗？

行业里口语会借用，但在项目合同里最好用非靶向、DDA/DIA、MRM、LC-HRMS等更精确的说法。

2、小分子一定要酶切吗？

大多不需要；特例在缀合物水解或衍生化以增强挥发性/电离。

3、代谢组需要做肽段图谱吗？

那是蛋白酶解链路，归入蛋白组样品制备。

结论

当看到代谢组自下而上这一标签时，最稳妥的阅读方式是：把它当作色谱进样与工作流顺序的口语化概括，而不要在技术层面照搬蛋白酶的酶切‑肽段‑蛋白推断。真正决定项目成败的是：取样是否代表生理状态、内标与基质效应控制、电离模式与色谱体系是否对症、以及在非靶向筛查后如何把身份落到可复述的通路证据上——这些与名词是否冠以 bottom‑up 并无必然因果关系。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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